La pedagogía de la escuela se sustenta en una educación activa, promueve el aprendizaje en un ambiente entre libertad y responsabilidad, que se centra en el desarrollo de valores y la formación para la vida. La educación es personalizada pero mediada por el sentido comunitario y colectivo.

La conciencia ecológica busca que el estudiante sea sensible a la necesidad de una relación recíproca con el cosmos, con ello Kusikuna pretende forjar en los estudiantes la sensibilidad a prácticas de cuidado de la naturaleza y lograr mantener el equilibrio integral cósmico.

La convivencia en la diversidad es el principio sociocultural que une a la diversidad social y sociocultural de los actores de Kusikuna. Este principio refleja el principio de interculturalidad. La interculturalidad y la convivencia en la diversidad dirige a acciones y aprendizajes de “saber convivir” de forma respetuosa los unos con los otros.

Kusikuna propone un modelo educativo activo, ecológico, integral y flexible en los tres niveles de la educación formal: Preescolar PukllayWasi (la casa del juego) ,  Primaria RuwayWasi (la casa del hacer) y Secundaria KhuyanakuyWasi (la casa del sentir en comunidad). Para Kusikuna cada wasi (casa) es considerada como un territorio de aprendizaje un espacio y tiempo en el que habitan las wawas y se desarrollan en interacción entre ellos, con los adultos acompañantes, con la naturaleza y consigo mismos.

Cada territorio de aprendizaje está vinculado profundamente a la etapa de desarrollo de cada wawa a sus necesidades auténticas, y por ello tenemos ambientes preparados, rutinas y ofertas educativas según la edad, el tiempo y las necesidades. La vida educativa en Kusikuna transcurre en el dinamismo permanente, en el caos armonioso de la vida misma.